Die Anfänge
Die kleine Siedlung Holzlar gehörte wie auch Oberkassel Mitte des 16. Jahrhunderts zum Herzogtum Berg, das etwa zur Hälfte calvinistisch oder lutherisch geworden war. Damals gab es in dieser Gegend immer wieder Pfarrer, die evangelisch predigten und das evangelische Abendmahl austeilten, so bis 1550 in Küdinghofen, Oberkassel und Niederdollendorf. Sogar der Kurfürst und Erzbischof von Köln Hermann von Wied ließ in Bonn von 1542 bis zu seiner Abdankung 1547 evangelische Gottesdienste zu und in Vilich, das politisch zum Kurfürstentum gehörte, gab es ebenfalls bis 1547 einen evangelischen Pfarrer.
Nach dem Augsburger Religionsfrieden von 1555 konnten erneut evangelische Pfarrer wirken, darunter wiederum in Vilich bis 1569, wo es damals wie auch in Schwarzrheindorf und in Oberkassel eine Gruppe von Täufern (früher oft Wiedertäufer genannt) gab, und in Siegburg bis 1572.
Ein Einschnitt in der wechselvollen Geschichte protestantischer Gemeinden bahnte sich 1609 an. Zu der Zeit gab es reformierte Gemeinden außer in Oberkassel auch in Honnef, Mondorf, Lülsdorf, Sieglar, Bergheim an der Sieg und Uckerath. Der Herzog Johann Friedrich von Kleve-Jülich-Berg starb kinderlos und wurde vom protestantischen Kurfürsten von Brandenburg und vom ebenfalls protestantischen Pfalzgrafen von Pfalz-Neuburg (Neuburg an der Donau), einem Wittelsbacher, beerbt, die sich 1614 die Verwaltung dieser Gebiete teilten. Berg fiel dabei an den Pfalzgrafen Wolfgang Wilhelm, der 1613 katholisch geworden war und 1619 evangelische Gottesdienste verbot. Die Protestanten standen damals unter dem Schutz der Niederländer, die auf einer Rheininsel nahe der Siegmündung, dem Kemper Werth, 1619/1620 eine Befestigungsanlage, die „Pfaffenmütze“, anlegten. Diese wurde jedoch schon 1622 von den Spaniern eingenommen und zerstört, so dass sich die protestantischen Gemeinden in der Folge nach und nach auflösten, nur Oberkassel blieb bestehen.